สาวน้อยจอมเวท นาโนฮะ เวลาผ่านไปหลายเดือนหลายสิ่งดูสงบ ก็เกิดเหตุการณ์ใหม่ขึ้น "หนังสือแห่งความมืด" ได้ถูกปลดผนึกขึ้นมาต่อหน้าของ ยางามิ ฮายาเตะ เด็กสาวที่พิการเดินไม่ได้ และทำให้ปลดปล่อยเหล่าอัศวินผู้พิทักษ์ทั้ง 4 คน ประกอบด้วย วีต้า ซิกนัม ชามัล และ ซาฟีร่า ซึ่งทั้ง 4 คนปรารถนาให้หนังสือแห่งความมืดดูดกลืนพลังเวทจนครบ 666 หน้า เพื่อให้ฮายาเตะหายจากอาการป่วยที่ร้ายแรง แต่ฮายาเตะไม่เห็นด้วย ทั้ง 4 คนจึงแอบทำให้หนังสือสมบูรณ์โดยเร็วที่สุดก่อนที่ฮายาเตะจะตาย หนึ่งในผู้ที่ถูกดูดพลังเวทไปด้วยก็คือ นาโนฮะ อุปกรณ์ของเธอก็ได้พังหลังจากต่อสู้กับวีต้า เรซิ่งฮาร์ทและบัลดิชก็ได้อัปเกรดพลังให้เหมือนกับเหล่าอัศวิน ในขณะที่ต่อสู้กันก็มีจอมเวทของหน่วยดูแลมิติจากสำนักงานใหญ่ 2 คนมาโจมตีและจับนาโนฮะกับเฟทขังไว้ แล้วเรียกฮายาเตะออกมาโดยปลอมตัวเป็นนาโนฮะกับเฟทโดยเล่นละครว่าฆ่าวีต้าและซาฟีร่า (เป็นสุนัขจิ้งจอก) ทำให้ฮายาเตะปลดปล่อยพลังที่แท้จริงของหนังสือแห่งความมืดออกมา สามารถใช้พลังของผู้ที่ถูกดูดพลังได้อีกด้วย และยังดูดร่างของเฟทเข้าไป เมื่อเฟทตื่นขึ้นมา ได้พบกับความฝันที่เป็นจริงของเธอ คือ ครอบครัวที่อบอุ่น เธอได้อยู่กับแม่ และพี่สาวของเธอ(ที่ตายไปแล้ว)เธอปฏิเสธที่จะอยู่ด้วย พี่ของเธอได้บอกวิธีออกจากหนังสือแห่งความมืด เฟทออกมาได้สำเร็จ ฮายาเตะสามารถควบคุมหนังสือแห่งความมืดได้แล้ว แต่ไม่สามารถหยุดโปรแกรมทำลายล้างที่ทำงานอยู่เนื่องจากจนเองได้ปลดปล่อยหลังของหนังสือออกมาทุกคนจึงร่วมมือกับนาโนฮะในการทำลายโปรแกรมของหนังสือแห่งความมืด